基础医学系是在原佛山职工医学院基础部的基础上组建而成。内设系办公室、人体解剖学、生理学及病理生理学、病理学及组织胚胎学、药理学及数理学等五个教研室。目前，基础医学系有教职工23人，高级职称所占比例60.8%，其中博士1人，在读博士2人，硕士学位4人。

基础医学实验中心的部分实验室设在该系，实验室的实验条件满足目前教学需要，其中机能学实验室是2001年建成投入使用，是本科生理学、病理生理学和药理学三个学科的实验教学融合的综合性独立课程——机能实验学的实验室。该实验室具有图象分析仪、BL-410生物信号采集系统12套及相应的计算机、局域网等设备，2006年又进行了机能实验室的扩建，增加7套BL-410生物信号采集系统，还配备了HX-200动物呼吸机、无创测压系统、水迷宫、十字迷宫、全自动细胞分析仪及生化半自动分析仪等教学科研设备。

近年来，基础医学系的教师在完成教学工作任务的基础上，积极开展教科研活动，积极申报省、市级和学校的教科研课题，目前1项市级科研课题正在结题中，2项校级科研课题已进入探索研究阶段。近两年发表的教学、科研论文20多篇。基础医学系的教师还积极参加各种教学竞赛、教学论坛的活动，2006年，2名教师分别获学校青年教师教学竞赛一等奖和实验教学一等奖。

基础医学系的病理教研室自上世纪50年代建校以来，就一直引领着佛山市病理检验工作的开展，在佛山市法医病理检验工作中发挥核心骨干作用。