临床医学系成立于1994年8月。目前，临床医学系有临床医学（专科）和护理（本、专科）两个专业，并与广州医学院联办临床医学（全科医学）本科专业。内设有系办公室和内科学、外科学、妇儿五官科学、预防医学与中医学、护理学5个教研室及临床医学和护理学两个专业实验室。师资队伍结构较合理，现有专职教师32人，其中高级职称23人，具有博士学位1人，在读博士1人，硕士学位4人，双师型教师25人。

在教学方面，医学系承担着学院各专业临床的理论课、实验课的教学工作。完备实验设备设施，能保证各项实验课的开出率，提高学生的实际动手能力，特别是外科实室、模拟病房和重症监护室（ICU）等专业实验室，为提高学生动手能力打下坚实的基础。

在科研方面，医学系教师主持和参与国家自然科学基金项目、省自然科学基金目、省医学科学研究基金项目、市科技局科技攻关项目等共计20余项，于SCI收录杂志、国家级核心期刊等公开发表研究论文100余篇。同时，教师中有多人担任国家级、省级及市级学会、研究会副理事长、常务理事及理事等职务；有多人主编、副主编和参编了多部卫生部规划教材工作。2006年，1名教师获得学校青年教师教学竞赛一等奖。

与此同时，临床医学系还兼任着附属口腔医院的部分临床医疗工作，具有卫技职称的教师努力实践“让病人满意，使人人健康”的服务理念，以高尚的医德、精湛的医术，为患者提供优质的人性化服务，享有良好的声誉，取得了较好的社会和经济效益。

临床医学系以社会需求为导向，以培养高素质临床实用型医学人才为宗旨，狠抓教学质量和学科与专业等内涵建设，走出一条医、教、研相结合的多层次、多渠道的办学新路子，除学历教育外，还开展专业证书教育、全科医生、护士及中医师等岗前岗后培训、专业技术职称晋升辅导、自学考试辅导等教育形式。与高等医学院校及医院联合办学，1994年与佛山市中医院联合举办中医骨伤专业学历教育。1997年开始，受广东省政府、省民族事务委员会、省卫生厅委托，连续5年为广东省少数民族地区和贫困山区培养“用得着、留处住”的临床医学大专层次全科医学人才，每年招生100名。1999年，临床医学、高等护理等5个专业成为广东省首批新机制新模式高职高专教育试点专业。2000年，高等护理专业获广东省高职高专教育改革示范专业。2001年8月与广州医学院联办普通本科临床医学专业（全科方向），是广东省率先开设全科医学专业的院校之一。同年，与华中科技大学联办“专升本”的临床医学、高等护理专业。

2003年9月，我院学生参加佛山市首届中等职业学校学生技能竞赛护理专业竞赛，获得团体总分第一名。2003年11月，我校代表佛山市参加广东省首届中等职业学校学生技能竞赛护理专业竞赛，获得一等奖2名，二等奖5名，三等奖1名，团体总分为全省第三名。2006年5月，我校学生参加广东省卫生职业教育天堰杯护理技能教学成果展示交流会，获得一等奖1名，二等奖2名。临床医学和高等护理学专业毕业生受到用人单位欢迎和好评，在社会中有广泛的影响。