现代医学的高速发展，学科专业的重组既有纵向的深入分化，同时也向学科间高度横向综合发展。传统学科专业这种分化动态，一方面为我院的发展提出了严峻挑战，同时也提供了良好发展机遇。如何把握机遇和有利条件，针对佛山市医药卫生事业发展形势，趋利避害，错位发展，通过学科建设达到出人才、出成果，并带动其他学科协调发展，更好地发挥高等院校服务地方的职能，是我院刚并入本科院校既要认真思考努力实践的重要问题。

2006年经过医学院学术委员会多次研讨反复论证，确定:

生物化学与分子生物学(代码：071010)         带头人：唐冬生

基因工程与基因治疗、重大疾病生化与分子机理研究、重大疾病生化与分子诊断研究、基因工程开发天然药物活性成分与新制剂的研究、细胞与分子免疫研究。

口腔临床医学(代码：100302)             带头人：王增全

口腔颌面外科临床研究、牙周病的临床研究、牙颌畸形的临床研究、种植与修复的临床研究、口腔修复工艺技术研究。

公共卫生与预防医学(全科医学)(代码：100401)    带头人：胡大林

环境与职业流行病学研究、社区常见老年病流行病学研究、卫生统计学在卫生事业管理中的应用研究、社区环境安全与人群健康的流行病学研究、社区护理流行病学研究。

病理学与病理生理学(代码：100104)

法医病理学研究、心脏缺血-再灌注损伤研究、神经生物与病理学研究等4个优先建设学科及18个学术研究方向。 

通过不到一年的建设和发展，部分学科在科研、教学、临床中取得了显著业绩，做到了当年建设，当年出成果。